最終的に以下のような感じになりました。

Visual Studio 2015 Update 3
Unity 5.6

今日出たVisual Studio 2017 Update 3にするとAssermblyConverter.exeがコード1で終了しましたというエラーが出るようになりました。出力を見てみるとKeyNotFoundExceptionがUnityEditor.Scripting.Compilers.NuGetPackageResolver.Resolve()で起きてるみたいでした。これをもとに検索をするとフォーラムの以下の記事がヒットしました。

.NET scripting backend and Visual Studio 2017.3 incompatibility

要はエラーになるから、まだ上げないでね♪近いうちになおすよってことでした。

VS2015で開くためのプロジェクトの出力

UnityからVisual Studioのプロジェクトを吐き出すときにUWP SDKを10.0.14393.0みたいに、ちょっと古めのバージョンを指定する必要があるっぽいです。Latestを選ぶと、VS2015で開くと更新が必要だよっていわれて更新プログラムのインストールを選ぶとVSのダウンロードページに飛ばされました。

まとめ

ドキュメントには一応こう書いてあるから使えるなら VS2017 使った方がいいのかもしれないですね…。

Install the tools

All editions of Visual Studio 2017 are supported (including Community). While Visual Studio 2015 Update 3 is still supported, we recommend Visual Studio 2017 for the best experience.

あくまで、私の環境ではこうだったというメモでした。