これずっと出来ないと思ってたのですが de:code 用に色々見てたら出来るっちゃぁ出来るようになってるのを見つけました。下記の権限のサイトをみてみると confirmAppClose っていうのがある！？

試してみよう

confirmAppClose の機能を Package.appxmanifest に追加します。

<!--
この名前空間を追加して
xmlns:rescap="http://schemas.microsoft.com/appx/manifest/foundation/windows10/restrictedcapabilities"
IgnorableNamespaces に以下のように rescap も追加
IgnorableNamespaces="uap mp rescap"
-->

<Capabilities>
  <Capability Name="internetClient" />
  <!-- これを追加 -->
  <rescap:Capability Name="confirmAppClose" />
</Capabilities>

そして、SystemNavigationManagerPreview クラスを使って頑張る感じですね。

using System;
using Windows.UI.Core.Preview;
using Windows.UI.Popups;
using Windows.UI.Xaml;
using Windows.UI.Xaml.Controls;

namespace ConfirmCloseApp
{
    public sealed partial class MainPage : Page
    {
        public MainPage()
        {
            this.InitializeComponent();
        }

        private void Page_Loaded(object sender, RoutedEventArgs e)
        {
            SystemNavigationManagerPreview.GetForCurrentView().CloseRequested += MainPage_CloseRequested;
        }

        private async void MainPage_CloseRequested(object sender, SystemNavigationCloseRequestedPreviewEventArgs e)
        {
            e.Handled = true;
            var d = new MessageDialog("閉じてもよろしいですか？");
            var okCommand = new UICommand("OK");
            d.Commands.Add(okCommand);
            var cancelCommand = new UICommand("Cancel");
            d.Commands.Add(cancelCommand);
            var r = await d.ShowAsync();
            if (r == okCommand)
            {
                Application.Current.Exit();
            }
        }
    }
}