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やり方は簡単でアプリのドキュメントクラスの プロジェクト名Doc クラスのインスタンスに SetTitle メソッドを呼んでやればいい。
あんまりしないと思うけど プロジェクト名Doc クラスの OnNewDocument で以下のような処理を書くと…
BOOL CMFCApplication6Doc::OnNewDocument()
{
if (!CDocument::OnNewDocument())
return FALSE;
// TODO: add reinitialization code here
// (SDI documents will reuse this document)
SetTitle(L"オレオレ!!俺だけど!");
return TRUE;
}
こんな感じになる。

もっときめ細やかな制御をしたかったりしたら、CMultiDocTemplate を継承して SetDefaultTitle メソッドをオーバーライドして、その中で CDocument::SetTitle してやる感じになりそう。
作成した CMultiDocTemplate を継承したクラスは、プロジェクト名App クラスの InitInstance メソッド内で CMultiDocTemplate を生成している部分を探して置き換えてやることで有効になる。