ここにある通りnuget.exeをゲットしてきて以下のコマンドを打ち込むことで解決できました。
nuget.exe config -set http_proxy=http://my.proxy.address:port nuget.exe config -set http_proxy.user=mydomain\myUserName nuget.exe config -set http_proxy.password=mySuperSecretPassword
Visual Studio 2013までは、認証用のダイアログが出てたのになぁ。
